В 9784 году по летоисчислению Содружества началось восстание ницшеанцев против Содружества Систем, стремящихся освободиться от контроля и установить новый порядок. Война, которая разразилась в этот момент, могла кардинально изменить судьбу мира. Для предотвращения победы противника к ницшеанскому флоту был направлен крейсер «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта.
Однако это мощное судно оказалось в ловушке, окружённое силами врага. Не имея шансов на спасение, капитан отдал приказ об эвакуации экипажа. Само «Созвездие Андромеды» вместе с капитаном стало жертвой временной аномалии на границе чёрной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем потерпело поражение, но Ницшеанская Империя так и не была основана. С этого момента вселенная погрузилась в тьму и хаос, известные как «Долгая Ночь».
Прошло 303 года, прежде чем крейсер «Эврика Мару» под командованием Беки Валентайн смог вытащить «Созвездие Андромеды» с орбиты чёрной дыры. В то время как для всего мира прошло 303 года, для капитана Ханта это был лишь миг. Объединившись с экипажем «Эврики Мару», он взялся за задачу по восстановлению Содружества Систем, осознавая, что этот путь будет долгим и сложным.